警(🔨)方為應付(fù )未(wèi )確認生命(mìng )體而開(🌰)發(fā )了G3系統，這套G3系統(🔧)是根據未(🥈)確認生命體4號即幪面超人古迦的力量而設計出(chū )來，裝著員是一位叫冰川誠(🤷)的警員，為人真誠但略為粗獷。警方另一部門在荒島(dǎo )上(shàng )發現了古代(🚸)文明，並(bìng )進行解碼。當未確(què )認生命體再次出現，連G3也不是其對手時，神秘的金色幪面超人亞極陀登場，這個幪面超人是一位失(shī )憶的青年津上翔一變身，起初(chū )因未能控制而襲擊G3。
　　翔一暫住在(💹)美杉義彥的家，認識了擁(yōng )有超能(🏻)力的風(⛏)谷(gǔ )真魚，真魚更幫(🌼)助翔一四出尋找他失去的記憶，並遇上葦原涼。涼(liáng )在父親的遺物中，發現一本記事(🚲)薄，當中(zhōng )提及之姓名卻無人知曉，查探父親死因(yīn )後(👛)，竟發現自(📤)己是另一(🐂)個幪面超人－磯烙使。磯烙使(shǐ )是不完整的亞極陀，所以當涼變身磯烙使後會出現後遺証。有次他相當危險，幸得因超古代文明遺傳因子而誕生的青年所救。之(🏖)後出現的未確(👔)認生命體(tǐ )也相繼被翔一，涼以及誠(chéng )所(🖥)打敗。
　　後來，涼(🏒)誤會女朋友是(shì )被亞極陀所殺，造成磯烙使(😓)與亞極陀對峙的局面。又(yòu )因亞(🦀)極陀多次拯救G3，G3加入戰團對付磯烙使。可惜G3聯手亞極陀未敵磯烙使，警方有見及此更厲害的武器－G3-X。在G3-X和亞極陀(tuó )合作下，未確認生命體雖然愈來愈厲(lì )害，但也被擊(jī )倒。
　　第三個幪面超人是由木野(yě )薰變身，他(🔉)雖然會優先對(🔷)付未確認生命體，但亦會對付磯烙使和亞極(😞)陀，因他認為世上有他(⤴)就夠(🛰)了(⏸)。後來他被強化了的磯烙使(shǐ )所敗，又被涼所救而作出改變。
　　原來謎的青年(🐺)是遠古(gǔ )使用闇力量的創造主(📮)，他今次派出水的精靈對付三個幪面超人及G3，起初(chū )四人不敵，但翔一打破恐懼，令亞極陀(🌚)的力量再(🔹)上一層，再合四人(🏟)之力，將他打(🔔)敗。
　　在警方和真魚的調查下發(fā )現翔一的姐姐木雪菜也曾(céng )經變成亞極陀，而其他擁有超能力的人最終也會變成(chéng )亞極陀，真魚更發現她的父親的死和亞極陀有關而(ér )疏離翔一。這時(🕙)闇的創造主親自出擊，要收(🥪)回翔一等的力量。更決定殺盡所有人類，以免(➖)有更多的亞極陀誕生。他派出風、地、(🧦)水三精(jīng )靈，翔一、涼和誠的最後一戰在此展開。